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《植物生理学报》 2017, 53 (7): 1267-1278

普通油茶转录组EST-SSR分子标记开发

李海波1, 王珊2, 丁红梅3, 陈友吾1, 胡传久1, 李楠1, 魏海龙1,*
1浙江省林业科学研究院, 杭州310023; 2浙江农林大学林业与生物技术学院, 浙江临安311300; 3浙江中医药大学分析测试中心, 杭州310053

 

摘要:
通过转录组测序技术鉴别普通油茶(Camellia oleifera) EST-SSR位点, 开发筛选适用于普通油茶种质资源评价与利用的多态性SSR标记, 对普通油茶的遗传变异研究和油茶良种的分子标记辅助育种具有重要意义。利用 MISA 工具从普通油茶转录组67 434条Unigenes (63.39 MB)中筛选得到26 751个包含1~6个核苷酸重复类型的SSR位点, SSR的分布频率为39.67%, 发生频率为1/2.33 kb; SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复, 占总SSR的44.28%, 其次是单核苷酸(35.28%)和三核苷酸重复(18.27%)。通过SSR标记的琼脂糖凝胶电泳和荧光标记毛细管电泳, 从143对SSR引物中遴选出了20对扩增效率高、稳定性好的多态性SSR引物, 并对来自浙江产区的57个普通油茶品种进行遗传关系分析。结果显示: 20对SSR引物共检测出129个等位基因, 每对引物2~17个, 平均6.45个; 多态性信息量(PIC)为0.0499~0.8635, 平均0.4355。57个普通油茶品种在Dice遗传相似系数大约0.47时聚为一类, 在大约0.60时可分为七个大类。本研究印证了利用普通油茶转录组数据开发SSR标记的可行性, 也证明了茶属树种SSR标记的可转移性; 不仅为普通油茶遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了有价值的候选标记, 也为普通油茶良种的鉴别与分子选育提供了分子技术手段。

关键词:油茶; 转录组; EST-SSR; 遗传关系; 多态性

收稿 2017-04-17  修定 2017-06-08

资助 浙江省科研院所扶持专项(2014F30002和2013F50012)和浙江省重大科技专项(2010C02005-1)。 * 通讯作者(E-mail: 1178646251@qq.com)。

* 通讯作者 (E-mail: 1178646251@qq.com; Tel: )。

 

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